當(dāng)前位置:首頁 > 技術(shù)文章 > 9.8分SCI!網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)+分子對接研究乙酰檸檬酸三丁酯腦損傷 的毒理學(xué)特征及其潛在的分子機(jī)制
本研究以乙酰檸檬酸三丁酯(ATBC) 為研究對象,通過網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)與分子對接策略探究其誘導(dǎo)腦 毒性的機(jī)制。利用 ChEMBL 、STITCH 、GeneCards 等數(shù)據(jù)庫篩選出與ATBC 暴露和腦損傷相關(guān) 的213 個潛在靶點,經(jīng) STRING 和 Cytoscape 分析得到23 個核心靶點(包括 AKT1 、CASP3、HSP90AA1 等);GO 和 KEGG 分析顯示核心靶點主要富集于癌癥相關(guān)通路、神經(jīng)活性配體 - 受 體相互作用通路等;分子對接(Autodock)證實 ATBC 與核心靶點結(jié)合能 < 0 ,結(jié)合穩(wěn)定。研究表 明,ATBC 可能通過調(diào)控腦細(xì)胞凋亡增殖、激活炎癥通路、影響神經(jīng)可塑性,增加腦癌風(fēng)險、引發(fā) 神經(jīng)炎癥,并可能導(dǎo)致認(rèn)知障礙和神經(jīng)退行性疾病,為 ATBC 腦毒性機(jī)制及環(huán)境污染物毒性評估提 供理論基礎(chǔ)。
研究背景
乙酰檸檬酸三丁酯(ATBC)是一種由檸檬酸酯化形成的有機(jī)化合物,它是聚氯乙烯(PVC)和其他聚合物材料常用的首選增塑劑。目前,ATBC通常被認(rèn)為是一種安全的增塑劑,只有在 非常高的濃度下才被認(rèn)為有毒。然而,ATBC的遷移率高達(dá)79.8 mg/kg ,約為鄰苯二甲酸酯(PAEs)的10倍,引發(fā)了人們對其潛在暴露風(fēng)險的擔(dān)憂。并且ATBC缺乏與塑料中聚合物的化 學(xué)結(jié)合,很容易塑料制品中浸出,然后擴(kuò)散到血液、體液、室內(nèi)空氣、灰塵、環(huán)境土壤和水中。
由于ATBC的消耗量不斷增加,其遷移率和可浸出性也很高,因此需要制定一種新的策略來全 面評估ATBC的健康安全性和風(fēng)險,并深入研究其潛在毒理學(xué)機(jī)制。考慮到暴露于PAEs所產(chǎn)生 的神經(jīng)毒性作用和潛在的病理性腦損傷,可以合理地假設(shè)具有類似化學(xué)結(jié)構(gòu)的ATBC也可能對 大腦產(chǎn)生不良毒性影響。并且ATBC暴露時間延長,腦損傷的可能性增加。
研究方法和內(nèi)容
?數(shù)據(jù)來源與工具:
?數(shù)據(jù)庫:ChEMBL、STITCH(獲取 ATBC 靶點);GeneCards、OMIM(獲取腦損傷靶點);DAVID、FUMA(GO/KEGG 分析)。
?分析工具:STRING(構(gòu)建蛋白 - 蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),PPI);Cytoscape 3.8.2(篩選核心靶點);Autodock(分子對接)。
?核心靶點篩選標(biāo)準(zhǔn):需同時滿足:①介數(shù)中心性 > 中位數(shù);②緊密性中心性 > 中位數(shù);③平均最短路徑長度 > 中位數(shù);④度值 > 2 倍中 位數(shù)。
應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)和分子對接分析ATBC對腦損傷的假定毒性。
揭示ATBC介導(dǎo)的腦損傷的核心靶點和關(guān)鍵通路。
促進(jìn)網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)和分子對接技術(shù)對緊急環(huán)境化學(xué)品的毒性和潛在分子機(jī)制進(jìn) 行有效評估。
研究結(jié)果
01 靶點篩選結(jié)果
從 ChEMBL 和 STITCH 篩選出256 個 ATBC 靶點,從 GeneCards 和 OMIM 篩選出8841個腦損傷高相關(guān)靶點,經(jīng)整合去重得到213 個潛在靶點(ATBC 誘導(dǎo)腦毒性的交集靶點)。
圖 1 乙酰檸檬酸三丁酯(ATBC)與腦 損傷相關(guān)靶點的維恩圖
02 潛在靶點的互作網(wǎng)絡(luò)及核心靶點的獲取
利用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了潛在靶點的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI),共得到212個 節(jié)點和569條邊。
通過對互作網(wǎng)絡(luò)的分析,作者識別了23個與ATBC引起腦毒性相關(guān)的核心靶點,并對這些核 心靶點重新構(gòu)建了互作網(wǎng)絡(luò)。其中AKT1 、CASP3和HSP90AA1是top3的靶點
圖 2 潛在靶點的蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作 用(PPI)網(wǎng)絡(luò)
圖 3 核心靶點的蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作 用(PPI)網(wǎng)絡(luò)
03 潛在靶點功能分析和通路富集分析
潛在靶點與核心靶點主要富集于癌癥相關(guān)通路、神經(jīng)活性配體 - 受體相互作用通路、鈣信號 通路、cAMP 信號通路等,與腦損傷類型一致。
圖 4. 潛在靶點的 GO 富集分析(前 10 位)
(A) 該柱狀圖展示了 213 個潛在靶點在基因本體論(GO)的三個類別(生物過程 BP 、細(xì)胞組分 CC 、分子功能 MF)中,經(jīng)錯誤發(fā)現(xiàn)率(FDR) 排序后前 10 位的顯著富集條目。FDR 值反映富集的統(tǒng)計學(xué)顯著性,數(shù)值越小表明顯著性越高;柱形高度對應(yīng)基因計數(shù),體現(xiàn)該類別內(nèi)的富集 程度。這些富集條目凸顯了可能受 ATBC 暴露影響的關(guān)鍵生物過程、細(xì)胞組分和分子功能。
(B) 氣泡大小對應(yīng)特定通路中的基因表達(dá)量,氣泡的顏色飽和度表示富集顯著性。
5. 潛在靶點的 KEGG 富集分析(前 20 位)
(A) 該氣泡圖以 FDR 值倒序展示了前 20 位顯著富集的 KEGG 信號通路。每個氣泡代表一個特定通路,氣泡面積表示該通路中富集的基因數(shù)量,顏色 深度(紅色越深)表示富集顯著性越高。213 個交集基因主要參與多種 KEGG 通路,其中神經(jīng)活性配體 - 受體相互作用及相關(guān)信號通路尤為突出。
(B) 該柱狀圖展示了各通路的富集頻率與顯著性,柱形長度對應(yīng)基因計數(shù)(反映富集分?jǐn)?shù)和顯著性水平),柱形越高表示基因計數(shù)越多、富集程度越高。 圖中簡明直觀地呈現(xiàn)了與 ATBC 誘導(dǎo)腦毒性密切相關(guān)的前 20 位富集 KEGG 信號通路。
04 核心靶點的通路富集分析
利用DAVID和FUMA數(shù)據(jù)庫對23個核心靶點進(jìn)行經(jīng)典通路分析,包括KEGG富集分析和Reactome富集分析。
6 . 核心靶點 KEGG 富集分析的重疊基因水平梯度柱狀圖(前 20 位)
05 ATBC和腦損傷核心靶蛋白的分子對接
利用AutoDock軟件對ATBC和五個核心靶點(AKT1 ,CASP3 ,HSP90AA1 ,ESR1和MMP9) 的相互作用進(jìn)行了分子對接分析。5個對接結(jié)果均顯示出較低的結(jié)合能,都可以自發(fā)結(jié)合,表 明ATBC與靶點之間具有較強(qiáng)的親和力。
圖 7. 各靶蛋白與 ATBC 的最低結(jié)合能分子對接結(jié)果
(A) ATBC 與絲氨酸 / 蘇氨酸激酶 1(AKT1)的對接結(jié)果;
(B) ATBC 與半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶 3(CASP3)的對接結(jié)果;
(C) ATBC 與熱休克蛋白 90α 家族 A 成員 1(HSP90AA1)的對接結(jié)果;
(D) ATBC 與雌激素受體 1(ESR1)的對接結(jié)果;
(E) ATBC 與基質(zhì)金屬蛋白酶 9(MMP9)的對接結(jié)果。
討論與結(jié)論
1. 毒性機(jī)制推測:ATBC 可能通過調(diào)控腦癌細(xì)胞凋亡與增殖、激活炎癥信號通路、調(diào)節(jié)神經(jīng)可塑性,影響腦癌發(fā)生發(fā)展、引發(fā)神經(jīng)炎癥,并 增加認(rèn)知障礙和神經(jīng)退行性疾病風(fēng)險。
2. 研究意義:為理解 ATBC 腦毒性分子機(jī)制提供理論基礎(chǔ),建立環(huán)境污染物毒性高效評估策略,為相關(guān)疾病預(yù)防治療提供依據(jù)。
3. 局限性:現(xiàn)有動物研究多為高劑量短期暴露,與人類低劑量長期暴露場景差異大,需進(jìn)一步長期流行病學(xué)和動物實驗驗證。
研究意義及創(chuàng)新點
1 :本研究如何篩選出ATBC 誘導(dǎo)腦毒性的核心靶點?涉及哪些數(shù)據(jù)庫和工具?
研究首先通過 ChEMBL 和 STITCH 數(shù)據(jù)庫篩選出 256 個 ATBC 相關(guān)靶點,通過 GeneCards 和 OMIM 數(shù)據(jù)庫篩選出 8841 個腦損傷高相關(guān)靶點,經(jīng)整合去重得到 213 個潛在交集靶點;隨后利用 STRING 數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白 - 蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)(212 個節(jié)點,569 條邊),并通過 Cytoscape 軟件分析節(jié)點拓?fù)鋵傩裕罱K篩選出 23 個核心靶點,篩選標(biāo)準(zhǔn)為介數(shù)中心性、緊密性中心性、平均最短路徑長度均 > 中位數(shù),且度值 > 2 倍中位數(shù)。
2:ATBC 誘導(dǎo)腦毒性的核心靶點和關(guān)鍵通路有哪些?它們?nèi)绾螀⑴c腦損傷過程?
核心靶點包括 AKT1 、CASP3 、HSP90AA1 、ESR1 、MMP9 等(其中 AKT1 度值最高,為 101);關(guān)鍵通路主要為癌癥相關(guān)通路、神經(jīng)活性配體 - 受體相互作用通路、 鈣信號通路。這些核心靶點通過調(diào)控腦癌細(xì)胞凋亡與增殖(如 AKT1 調(diào)控細(xì)胞存活,CASP3 介導(dǎo)凋亡)、激活炎癥信號(如 HSP90AA1 促進(jìn)慢性炎癥)、破壞血腦屏 障與調(diào)節(jié)神經(jīng)可塑性(如 MMP9 參與免疫炎癥與血腦屏障破壞),最終導(dǎo)致腦癌風(fēng)險增加、神經(jīng)炎癥及認(rèn)知功能下降。
3 :本研究采用的網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)與傳統(tǒng)毒理學(xué)方法相比,有何優(yōu)勢?
相比傳統(tǒng)毒理學(xué)方法,網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)優(yōu)勢在于:①系統(tǒng)性:整合多數(shù)據(jù)庫和組學(xué)數(shù)據(jù),從整體網(wǎng)絡(luò)層面分析污染物與靶點、通路的相互作用,避免傳統(tǒng)方法僅關(guān)注孤立靶 點的局限性;②高效性:通過生物信息學(xué)工具快速篩選靶點和通路,縮短對新興環(huán)境污染物毒性評估的周期,適應(yīng)大量未表征化學(xué)品的評估需求;③預(yù)測性:結(jié)合分子 對接等技術(shù)預(yù)測潛在相互作用,可針對低劑量長期暴露場景(更貼近人類實際暴露)提供機(jī)制推測,彌補(bǔ)動物高劑量短期實驗的不足。
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